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生信R绘图秘籍,SCI绘图无忧! 在进行生物信息学分析时,是否经常感到缺少关键的R语言代码? 为了帮助你在准备SCI论文时更加顺利,我整理了一些实用的R语言绘图代码,希望能帮你避开不必要的麻烦! 基础绘图代码: 绘制散点图:`plot(x, y, type = "p")` 绘制柱状图:`barplot(height, names.arg = ...)` 绘制箱线图:`boxplot(x, main = ...)` 绘制热图:`heatmap(mat, Rowv = ..., Colv = ...)` 蠨🛩𖧻图代码: 自定义颜色:`col = c("red", "blue", ...)` 添加标题和标签:`main = "Title", xlab = "X-axis label", ylab = "Y-axis label"` 调整图形大小:`par(mfrow = c(2, 2))` 创建图形模板:`template(...)` 高级绘图代码: 绘制交互式图形:`interactivePlot(...)` 创建动态图形:`animate(...)` 使用主题和样式:`theme_minimal()` 或 `theme_bw()` 添加图例和注释:`legend(...)`, `text(...)` 这些代码涵盖了从基础到高级的各种绘图需求,希望能为你的生信分析提供帮助!
R语言代码大放送,科研神器! 每次进行生物信息学分析时,总是缺少一些关键的R语言代码,真是让人头疼 。为了让大家在写SCI论文时更加顺利,我特意整理了一些实用的R语言代码希望能够帮助你们避开那些不必要的弯路!拿走不用客气~ WGCNA筛选表型相关基因.zip GEO多疾病差异分析.zip GEO数据库PCA散点图.zip ROC诊断曲线.zip GEO与TCGA共同差异基因.zip 多GEO数据库合并分析.zip GEO数据库处理分析.zip 预后模型多指标ROC.zip 独立预后分析.zip oncoPredict包基因表达与药物敏感性.zip 基因与药敏相关性.zip PFS.zip 多因素Cox模型.zip lasso回归模型.zip 线性回归以及非线性回归.zip 实验5空间分析.zip TCGA clinical.zip ComBat不同数据.zip ComBat.zip wilcox差异分析.zip 模型循环.zip 构建lasso回归预后模型.zip 临床相关性筛选.zip 共表达分析.zip 临床相关性分析.zip 多GEO数据去批次.zip 三种方法提取TCGA临床数据.zip WGCNA筛选hub基因.zip 预后相关基因筛选.zip 机器学习XGBoost.zip 机器学习GBM.zip 机器学习决策树.zip ROC分析.zip 机器学习模型ROC分析.zip 机器学习建模.zip 随机森林筛选基因.zip 生存分析.zip SVM筛选基因.zip 机器学习-asso筛选基因.zip 铜死亡相关基因筛选.zip 免疫治疗分析.zip 肿瘤突变负荷分析.zip 免疫浸润生存.zip 差异分析.zip 多组差异分析.zip 免疫检查点相关性.zip 三包差异交集.zip 免疫细胞相关性分析.zip DESeq差异分析.zip edgeR.zip 基因表达与免疫浸润关系.zip 免疫差异.zip 新TCGA.zip 希望这些代码能帮到你们,祝大家科研顺利,论文多多!
R语言必备包和工具速查表(共32页) 大家好!今天给大家带来一份超实用的R语言速查表,涵盖了各种常用的包和工具。无论你是新手还是老手,这份速查表都能帮你快速找到你需要的功能。话不多说,直接上干货! Base R 首先,咱们得从Base R说起。这可是R语言的核心包,提供了基本的数据结构(比如向量、矩阵、数据框)和各种函数(操作、计算、统计)。基本上,所有的R代码都是基于这个基础的。 RStudio 𛊦夸来是RStudio,一个超好用的集成开发环境(IDE)。它提供了代码编辑器、调试器、控制台和图形界面等功能,让R语言的开发和调试变得超级高效便捷。 Shiny ✨ Shiny是R语言中的一个Web应用框架,特别适合用来创建交互式Web应用程序。只需要简单的R代码,你就能做出一个超酷的网页应用。 R Markdown R Markdown是R中的一种文档格式,允许你将R代码、输出和文本结合在一起创建动态文档。特别适合用来生成报告、论文、演示文稿等。 readr readr包提供了用于读取平面文本数据(如CSV、TSV等)的函数。相比Base R中的读取函数,它更快速、更有效。 tidyr idyr包主要用于数据重塑和整理,特别是将数据从宽格式转换为长格式(melt)或从长格式转换为宽格式(spread)。 dplyr ኤplyr包提供了用于数据处理和转换的函数,如筛选、排序、分组、汇总等。它的语法非常易用且一致。 ggplot2 ggplot2是R中用于数据可视化的重要包,基于图形语法理论,提供了用于绘制统计图形的函数。 purrr purrr包提供了用于函数式编程的工具,例如映射函数、过滤函数、归约函数等,使R代码更简洁和可读。 stringr stringr包提供了用于处理字符串的函数,使字符串操作更加方便和一致,比Base R中的函数更易用。 lubridate ⏰ lubridate包提供了用于处理日期和时间的函数,使得日期和时间的操作更加简单和直观。 devtools 犤evtools包提供了用于R包开发和管理的工具,包括安装、加载、测试、文档生成等功能。 Keras Keras是R中的一个深度学习框架,提供了高级神经网络建模的接口,能够方便地构建和训练深度学习模型。 sparklyr sparklyr提供了R语言与Apache Spark的接口,使R用户可以利用Spark的大规模数据处理能力。 rlang rlang包提供了用于解析和操作R语言表达式的工具,可以帮助用户编写更灵活和高级的R代码。 caret ⚙️ caret包提供了用于机器学习的工具,包括数据预处理、模型训练、调参等功能,简化了机器学习工作流程。 这份速查表真的是涵盖了R语言的方方面面,无论你是想快速上手某个包还是深入学习某个功能,这里都能找到你需要的信息。赶紧收藏起来吧!如果你有任何问题或者需要更多帮助,欢迎随时联系我哦!
2024APMCM亚太赛A题全解析 A题的五问终于搞定啦! 整理了每一问的Python代码、模型权重、结果表以及对应论文,大家一起来对一对第一问吧! 偏色检测 问题描述:检测图像是否偏色,结果偏向蓝绿色。 代码实现: def detect_color_cast(image): mean_b, mean_g, mean_r = cv2.mean(image)[:3] mean_total = (mean_b + mean_g + mean_r) / 3 deviation = np.std(mean_b, mean_g, mean_r) / mean_total return deviation > 0.2 # 偏色阈值 弱光检测 问题描述:检测图像是否弱光,背景主要是黑色,整体画面亮度较低。 代码实现: def detect_low_light(image): gray = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2GRAY) brightness = np.mean(gray) return brightness < 50 # 弱光值 模糊检测 问题描述:检测图像是否模糊,基于Laplacian算子。 代码实现: def detect_blur(image): gray = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2GRAY) laplacian_var = cv2.Laplacian(gray, cv2.CV_64F).var() return laplacian_var < 100 # 模糊值 完整结果与论文 除了代码,还整理了每一问的完整结果、模型权重以及对应论文。大家可以一起对照答案,互相讨论哦!
九龙电脑维修店YYDS,主板烧坏也能救! 不是广告! 作为一个计算机科学专业的菜鸟,我的电脑在连接外接显示屏编程时突然黑屏,而且充不上电,当时我怀疑是主板烧坏了[哭惹R][哭惹R]。但直接换主板的话,里面那么多代码和论文资料真的舍不得。抱着试试看的心态去了这家店,没想到居然修好了!太感谢了,老板人很好,粤语和普通话都很流利,简直是打工人的救星[笑哭R][笑哭R][赞R]。 大家可以直接在Google Map上搜“恒輝電訊”找到这家店哦~
超美的热力图配色方案,快来试试吧! 最近在忙着论文收尾工作,做summary statistics时偶然发现了一种非常好看的热力图配色方案,真的超级惊艳!这个配色方案可以帮助我们清晰地看到各个变量之间的关系。下面是具体的R代码: ```R heatmap_plot <- ggplot(data_melted, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + geom_tile(color='black', linewidth=0.15) + geom_text(aes(label=round(value, 2)), size=3, vjust = 1.5) + scale_fill_gradientn(name='Corr', colours = pal_c) + scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) + scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + coord_equal() + theme_minimal(base_size = 14) + theme(axis.title=element_blank(), axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust=1), panel.grid = element_blank(), plot.background = element_rect(fill='white', color='white'), legend.key.height = unit(4, 'line')) ``` 这段代码可以生成一个非常美观的热力图,数据的具体内容你们可以自己填充哦!希望这个配色方案能帮到你们,让你们的论文更加出彩!✨
R语言在医学科研中的实战应用 我的学习之旅 作为一名生物信息学博士,我参与过多个医学大数据挖掘分析项目,深知R语言在临床预测模型中的强大作用。今天,我想和大家分享一些R语言在医学科研中的实用技巧,希望能对你有所帮助! 从基础到实战 我的学习之路从最基础的R语言语法开始,逐步掌握各种函数和包。之前,我主要通过浏览网络在线教程和参加培训课程来学习,虽然辛苦,但最终记录了自己的学习笔记。现在有了《R语言临床预测模型实战》这本书,感觉像是站在了前人的肩膀上,可以少走很多弯路!书中有大量的实战案例,每一章都有配套的数据和分析代码,真的非常实用! 砦𐦍处理与质控 在SCI论文写作中,数据处理是至关重要的一步。使用R语言中的数据处理包,如dplyr和tidyr,可以轻松处理数据的导入、清洗和整理。掌握这些数据处理技巧,能够减少错误和不一致性,提高数据的质量和可靠性。 统计分析与推断 统计分析是SCI论文中的关键环节之一。利用R语言中的统计包,如survival和lme4,可以进行各种统计分析,从简单的t检验到复杂的多因素方差分析和回归分析。书中的案例已经通过合理的统计方法和推断分析,为理解研究结果提供了坚实的支持。 数据探索与可视化 这本书还提供了丰富的数据分析和可视化工具。通过使用ggplot2包和其他相关包,可以进行探索性数据分析,发现隐藏的模式和趋势。将数据转化为优美的图表,不仅能够提升论文的可读性,还能大大增加研究结果的说服力!并且都有配套的R代码和详细的教程,直接用示例出图以后套用自己的数据,举一反三~ 社区讨论与分享슊加入R语言社区,参与在线讨论和交流,可以及时解决疑惑和bug,更快地实现目标和高效率发表论文~别忘了参加我们的生物信息交流群,结识其他生物信息学爱好者和专家,寻求合作机会,交流与合作将使你快速成长! 幸运粉丝福利 为了感谢大家的支持,我们将赠送清华大学出版社出版的《R语言临床预测模型实战》给幸运粉丝!快来互动吧~
三款顶尖AI工具,学术编程写作全覆盖! 最近,我尝试了多款主流AI助手,深刻体会到:不同需求需要选择合适的工具!以下是三款顶尖AI的真实使用感受,希望能帮到同样迷茫的你们 [举手R]学术写作 Perplexity是学术研究的不二之选!它像一个高效的研究助理,不仅能自动抓取最新的研究资料,还能精准引用,非常省事。用它找文献,几分钟就能搞定那些需要手动查找的论文。 Claude也非常不错,擅长分析和严谨的论证。如果你在写学术文章,需要逻辑紧密的论点,它的风格更合适。 ChatGPT则相对简单一些,适合帮忙润色和构思,但专业度稍逊一筹,查找文献还得靠自己。 [举手R]代码编程 Claude简直是我的“编程导师”!代码逻辑严谨,特别是在debug和写复杂代码时非常稳定。特别是写测试和梳理复杂逻辑时,它的解答质量明显更高。 ChatGPT也不赖,虽然更适合入门或一些简单的项目,但它代码示例多,学习上手快,是新手友好型。至于Perplexity,查找代码片段还行,但深度讨论和技术细节还是差了点。 [举手R]创意写作 想要碰撞灵感的,ChatGPT绝对能激发你的创意火花!它的对话风格轻松、内容丰富,很适合头脑风暴,想法层出不穷。 Claude在写作上稍显严谨,有点“学术范”,适合偏专业的内容,而Perplexity更像资料库,能帮忙搜集素材,但互动性就不太强了。 [举手R]总结一下: 做学术研究、查资料,选Perplexity 写代码、做技术项目,选Claude 创意写作、日常对话,选ChatGPT
要是十年前就有ai ,我也不至于在毫无帮助教学的情况下硬生生去摸索怎么用R处理论文数据了。摸索了整整一个暑假才得到了没有bug的结果。后来R的页面变得user friendly,再后来直接可以告诉ai你想要达成什么,它告诉你代码了,幸福的我想哭。。。
R语言论文图表制作指南:轻松上手 嘿,大家好!今天我们来聊聊R语言在金融数据分析中的神奇之处。R语言以其强大的数据处理和可视化功能,成为金融经济领域研究者的得力助手。下面是一些基本的R语言代码示例,帮助你快速上手图表制作。记得,这些代码仅供参考,实际应用时需要根据你的数据集进行调整哦! 【安装和加载必要的包】 首先,确保你已经安装了`ggplot2`包,这是一个非常强大的数据可视化工具。 ```R install.packages("ggplot2") library(ggplot2) ``` 【制作条形图】 假设你有一个名为`financial_data`的数据框,其中包含`Category`和`Value`两列。 ```R ggplot(financial_data, aes(x = Category, y = Value)) + geom_bar(stat = "identity") + labs(title = "Financial Category Comparison", x = "Category", y = "Value") + theme_minimal() ``` 【制作折线图】 如果你想要展示随时间变化的数据趋势,可以使用下面的代码。 ```R ggplot(financial_data, aes(x = Time, y = Value)) + geom_line() + labs(title = "Financial Value Over Time", x = "Time", y = "Value") + theme_minimal() ``` 【散点图】 分析两个变量之间的关系,散点图是一个很好的选择。 ```R ggplot(financial_data, aes(x = Variable1, y = Variable2)) + geom_point() + labs(title = "Relationship Between Two Variables", x = "Variable1", y = "Variable2") + theme_minimal() ``` 【开篇方法】 开篇可以用“使用数据”的方式,比如:“让我们用数据说话,看看金融市场的波动如何影响我们的投资。” 【写作风格】 我们选择“肯定”作为写作风格,让你的论文充满信心和权威。
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