生物富集论文权威发布_《富江》动画(2024年12月精准访谈)
古人如何驯化微生物?新疆奶酪样本揭秘 古人驯化动物为己所用的历史我们早已耳熟能详,但你知道吗?他们其实也驯化了微生物!最近,我国科研团队在新疆小河墓地出土的3500年前“奶酪”样本中发现了惊人秘密。 这项研究首次实现了对古代奶制品遗存的宏基因组研究,成果于9月25日在《Cell》杂志上发表,并被评为重点推荐论文。研究团队围绕古代发酵奶制品展开系统研究,揭示了新疆小河墓地出土的“最古老奶酪”背后的微生物奥秘。 付巧妹团队联合多家单位,包括新疆文物考古研究所、新疆大学和国家文物局考古研究中心等,对奶酪样本进行了深入分析。结果显示,这种奶酪制品源自开菲尔酸奶,由开菲尔粒(类似酒曲)在奶中发酵而成。 通过自主设计的乳酸菌全基因组位点探针,研究团队成功将奶酪样品中的乳酸菌DNA从0.43%至0.55%富集提升至64%至80%,从而实现了第一例古代全基因组研究。 젧 究发现,样本中的开菲尔乳酸菌基因组与欧洲菌株有所不同。这意味着奶制品发酵技术的传播很可能伴随着人类的迁徙和互动。论文共同第一作者刘逸宸表示,开菲尔乳酸菌支系的分化很可能是其共同祖先最初被驯化后在不同人群的传播所致。 国际专家对这项研究给予了高度评价,认为这是古DNA研究中的罕见发现,为欧亚草原中部人群的迁徙交流与微生物驯化历史带来了新认识。 为我国科学家们的优秀研究成果点赞!这一发现不仅展示了古人对微生物的驯化能力,也为现代微生物学研究提供了宝贵资料。
【中国人皮肤长啥菌?复旦王久存+华大团队揭示中国汉族人群皮肤微生物组特征 | 论坛人物】 当微生态护肤出现在消费者视线中,很多人可能第一反应都是:这又是什么新的概念? 早在2004年,著名化妆品集团就正式启动了这个领域的研究课题。到了2007年,美国启动人类微生物组织研究计划(HMP)。 “我们国内目前研究微生态的人还不多,各大高校研究所数一数,在这领域比较有成果的人就那么几个。”一位在国内微生态方向颇有研究的皮肤科教授说道。 Microbiome杂志发布了一篇论文,标题为《人体皮肤微生物耐药基因组特征及两种微生物皮肤型的鉴定》,是复旦大学生命科学学院博士生导师王久存教授带领的课题组,携手深圳华大生命科学研究院刘晓课题组,合作研究揭示中国汉族人群皮肤微生态宏基因组特征的成果。 此次研究发现,基因丰度最高的基因,富集于辅助因子和维生素的生物合成,该功能不仅对微生物的生长和生存至关重要,维生素的合成亦与皮肤健康紧密相关。而且,基因中可见依克多因(Ectoin)等已应用于美白抗衰的生物活性分子,提示皮肤微生物组基因集是一个有待开发的巨大宝藏。 2024年11.1-3日,我们有幸邀请到王久存教授前来时光派第五届衰老干预论坛,现场与我们探讨更多皮肤学前沿发现,可点击下方了解更多。
基迪奥生物:科研人的生信分析神器 OmicShare是基迪奥生物旗下的一个平台,专为科研人员提供交互式生信工具、原创组学书籍、生信论坛以及视频教程。目前已有超过140,000名科研人员注册使用,引用超过4500篇SCI论文。 平台特色: 交互式生信工具:用户可以轻松绘制NCS图,进行数据分析。 原创组学书籍:提供丰富的组学知识,助力科研人员深入了解。 生信论坛:科研人员可以在这里交流经验,分享数据。 视频教程:提供详细的操作指南,帮助用户快速上手。 数据分析: 丰度分析:显示不同条件下基因表达量的变化。 差异表达分析:比较两组数据,找出显著差异的基因。 功能富集分析:根据基因功能进行分类,找出富集的通路。 科研应用: 疾病研究:通过数据分析,探索疾病的发生机制。 药物研发:预测药物对靶点的作用,优化药物设计。 环境监测:分析环境因素对生物多样性的影响。 平台优势: 数据可视化:直观展示数据分析结果。 用户友好:界面简洁,操作方便。 社区支持:科研人员可以互相帮助,解决问题。 𑠧닥襆,开启你的生信分析之旅!
最新医疗给药技术,仿生动力胶囊,来瞅瞅! 近日,美国麻省理工学院与丹麦生物制药公司诺和诺德携手研发出一款创新性的仿生胶囊。其灵感源自乌贼和章鱼喷射水流推进的方式,借助压缩二氧化碳或紧密盘绕的弹簧所产生的推力,挤压液体药物,进而能够直接将药物泵入胃肠道之中。这一成果意义非凡,不仅可用于递送 RNA 药物,还为胰岛素等通常需要注射的药物提供了一种极具潜力的替代给药途径,相关论文已在新一期《自然》杂志发表。 实际上,在医疗科技领域,仿生胶囊的探索不止于此。此前,麻省理工学院的科学家也曾证实,有一种口服型仿生电疗胶囊可用于控制激素、调节食欲。它模拟澳洲魔蜥的皮肤构造,其表面的亲水性凹槽能确保电极与胃组织紧密接触,通过产生电刺激来促进饥饿素释放,未来有望在人类患者身上开展测试,为治疗恶心或食欲不振等病症开辟新径。 而在国内,科研人员在相关领域也有所建树。在 2022 年 2 月,博士后余诺等人成功研发出具有全路径优势的 Ultrasmall-in-Nano 仿生纳米胶囊,可应用于辐射 - 光协同治疗肿瘤。该胶囊巧妙利用癌细胞膜伪装超小金属 - 有机框架材料,具备生物安全性高、肿瘤富集浓度高等显著优势,能够高效地杀灭肿瘤细胞。
科研新手必看!制图秘籍 制作高质量的图表并不难,只要有合适的工具和愿意学习的态度,任何人都能掌握。以下是一些实用的工具和技巧,帮助你制作出符合Nature论文标准的图表。 数据图制作工具: Origin & MATLAB:这些经典的数据分析和绘图工具功能强大,适合对数据有精确要求的研究者。 GraphPad Prism:用户友好,适合快速制作基础图表,如折线图、柱状图等,还集成了生物统计功能。 SmartDraw:提供多种预设模板,适合绘制复杂的流程图、组织结构图和统计图表。 Hiplot:在线绘图工具,功能丰富,适合不安装软件的快速绘图需求。 苨ﭨ耯R语言:在生物信息学数据可视化中非常流行,提供了多种强大的绘图包。例如: ggplot2:创建高质量统计图形的利器; GOplot:专门用于基因富集分析的可视化; TransPlotR:用于可视化基因组结构,操作简单。 Python:作为数据科学的主流语言,Python提供了多种灵活的绘图库。例如: seaborn:基于matplotlib的高级统计图表库,能创建美观且信息丰富的图表; matplotlib:基础绘图库,功能广泛,适合各种图表的创建; vtk:用于3D计算机图形和可视化的强大库,提供Python接口。 图表类型: 示意图:用来展示实验流程、研究模型或生物机制,帮助读者快速理解研究思路和方法。 数据图:包括各种统计图表,如折线图、柱状图、热图等,用于直观呈现实验数据的趋势和关系。 实验图:虽然在生物信息学中较少涉及,但在一些实验研究的论文中可能会用来展示实验装置或操作步骤。 蠨则与技巧: 在制作生物信息学图表时,要增强数据的可读性,同时要让你的研究成果更加引人注目和易于理解。
无实验SCI!小檗碱抗炎新解 今天要给大家介绍一篇超棒的文章,它于2024年6月发表在Phytomedicine杂志上,影响因子高达6.8分!这篇文章可是纯生信的经典之作,居然能在没有做实验的情况下发表在1区,真是让人羡慕不已。 这篇文章的研究者巧妙地从抗炎角度入手,探讨了中药单体小檗碱在多种炎症相关疾病模型中的作用,包括类风湿性关节炎、动脉粥样硬化、阿尔茨海默病和乙型肝炎等。他们通过多维视角进行网络药理学分析,再结合分子对接技术,不仅深入了解了小檗碱在炎性疾病治疗中的有效性,还增大了数据量,避免了湿实验的繁琐。 整体分析思路非常简单,只要换个中药单体或者几种类似疾病,就能轻松复现这篇文章的方法。对于经费紧张的课题组来说,这真是一个不二之选,打造一篇6分+的文章变得如此简单! 如果你也想借助生物信息技术完成自己的小论文,但苦于没有相关经验,不妨参考一下这篇文章的设计思路。无数生信文章的套路都可以复现,赶快行动起来吧! 题目:小檗碱抑制炎症的分子机制及网络药理学分析 杂志:Phytomedicine 影响因子:IF=6.8 发表时间:2024年6月 本研究使用相关关键词从Web of Science、PubMed、谷歌学术和Scopus检索截至2023年7月关于小檗碱抗炎药理作用和机制的最新研究。采用网络药理学和生物信息学分析来预测黄连素对潜在疾病的治疗作用和机制。具体来讲,首先是从OMIM、DisGeNET和GeneCards数据库筛选目的疾病相关的靶标,再将得到的靶标整合到STRING平台中,建立蛋白质-蛋白质相互作用,使用Metascape平台进行功能富集分析,筛选具有高度值的核心靶标。从而为进一步研究小檗碱治疗炎症性疾病的机制奠定了基础。 这两年凭借纯生信发文章可谓越来越难了,大家通常都会选择干湿结合的方法,这篇文章却能凭借纯生物分析技术发表1区SCI,使人眼前一亮。仔细看来,这篇文章的研究内容并不复杂,操作难度也不高,将网络药理学+分级对接进行了完美地有机结合,选择多种疾病模型进行研究。最重要的是避免了长时间泡在实验室的巨大工作量,不仅节约时间,对经费紧张的课题组堪称不二之选,打造出一篇6分+的文章so easy!真诚建议还没发表小论文的同学可以参考这篇研究来设计自己的文章框架,换个成分,换个靶点,下一篇accept就是你的,需要帮助的话随时滴滴哦!
转录组与代谢组联合分析:从数据到结果 当你面对一堆转录组和代谢组的数据时,可能会感到有些迷茫。别担心,这里有一些分析的思路和方法,希望能帮到你。 数据质量检查 首先,看看数据的重复性。通过PCA和相关性热图来评估。如果组间的相关性高于组内,那结果可能不太靠谱。一般来说,发表文章要求至少三个生物学重复,有条件的话最好测四个或更多,这样如果有重复性不好的样本还可以剔除。 发表文章或毕业论文 如果你只是想用这些数据来发表文章或写毕业论文,不需要做深入的分子验证,那就仔细看看公司给你的结题报告,理解每一个图,再看看相关的文献,学习如何描述结果。照葫芦画瓢基本就搞定了。 深入机制解析 슥悦你想通过多组学来找某条通路或某个基因进行后续机制解析,建议数据反复分析三遍以上再开始挑选基因进行湿实验。前面没选好,后面会做得很痛苦。 挑选候选通路和基因 슦确你的生物学问题,根据文献已有的报道记录可能影响该生物学性状的通路和基因家族。有几个分析思路可以尝试: WGCNA分析:通过基因相似的表达模式,将基因归类到数个模块中,与代谢组学中关键通路的显著变化代谢物丰度作为性状数据进行相关性分析,从而找到与关注的代谢过程最相关的模块,并构建共表达调控网络,鉴定关键基因。 相关性分析:基于基因表达量和代谢物含量计算基因和代谢物的相关性系数,推荐Pearson算法。这个方法原理其实和WGCNA有一点类似,但更加简单粗暴,有时候比WGCNA更容易获得预期结果。 差异基因和差异代谢物分析:各自做做富集分析,看有没有重叠部分。如果没有预期结果,建议从代谢组看起,找差异大又比较有意思的代谢物,然后通过文献来找该代谢物合成关键基因,再看一看这些基因的表达情况。 共表达分析:当明确候选基因以后,如果你的样本数量在五个以上(不包括重复),你还可以做一个基因和基因间的共表达分析。比如你本来找到的是合成某个代谢物的功能基因,那么可以基于共表达分析找到潜在的上游转录因子,再通过酵母单杂&LUC等进行验证。 希望这些思路能帮到你,欢迎补充和指教!
博士论文写作的五大助手 **文献搜索与选题**: 1️⃣ Elicit:迅速定位核心文献,轻松管理自动化文献。 2️⃣ Semantic Scholar:比谷歌学术更强大,2亿文献免费下载! 3️⃣ Pubmed:专注生物医学和生命科学文献的搜索与检索。 **知识图谱与综述**: 1️⃣ Research Rabbit:快速定位核心文献,提供similar work等功能。 2️⃣ Inciteful:生成论文网络图谱,快速找到领域内的top期刊和重要文章。 3️⃣ Consensus:从论文中引述问题,生成可信度高的综述或假设。 ️ **论文写作与修改**: 1️⃣ Summarizer:将长篇文献浓缩到理想字数,凸显核心观点。 2️⃣ Scholarcy:从文档中提取结构化数据,提炼文献核心要点。 3️⃣ Quillbot:提供多种改写模式,检查语法错误,满足不同写作需求。 4️⃣ Paperpal:比Grammerly更出色,确保论文以正式语气撰写。 **论文降重助手**: 1️⃣ Wordtune:在线改写现有essay,轻松降低重复率。 2️⃣ Thesaurus:提供同义词,让你的写作更加丰富多彩。 3️⃣ Speedwrite:自动Paraphrase文段,省时省力。 **文献管理与引用**: 1️⃣ EndNote:强大的文献管理工具,支持大规模文献收集和引用。 2️⃣ Zotero:支持多种文献类型,自动生成引文,助力论文写作。 3️⃣ Mendeley:提供PDF批注和标签功能,多平台同步,方便随时访问文献。
孕妇用纸杯喝热水,小心影响胎儿健康! 2024年8月15日,浙江大学蒋超实验室在环境领域国际著名期刊《Journal of Hazardous Materials》上发表了一篇题为《一次性纸杯对孕妇及胎儿健康的影响》的研究论文。这项研究首次系统地揭示了日常生活中使用一次性纸杯对孕妇健康和胎儿发育的潜在风险。 微塑料(Microplastics, MPs)是一种直径小于5毫米的塑料颗粒,广泛存在于环境中。人体可以通过饮食、呼吸和皮肤接触等多种途径摄入微塑料,导致其在多个组织中沉积。尽管微塑料的潜在健康风险日益受到关注,但目前的研究仍存在诸多局限性,特别是在妊娠期间的影响尚未得到系统研究。 研究团队首先筛选了五个知名品牌的一次性纸杯(Disposable paper cups, DPCs),选择了释放微塑料最多且颗粒最小的品牌。随后,团队浓缩富集了热水冲泡DPCs释放的微塑料,模拟人类日常DPCs消费水平,以剂量梯度口服灌胃的方式处理孕鼠。研究结果显示,微塑料对胎儿发育和母体生理产生了剂量相关的显著不利影响。微塑料在母鼠的12个组织器官及胎鼠中均被检测到,呈剂量依赖性地偏好沉积在胎儿、胎盘、肾脏、脾脏、肺部和心脏。研究发现胎儿和胎盘中的微塑料数量和粒径分布没有显著差异,表明胎盘对微塑料没有明显的过滤作用,微塑料可以直接通过胎盘进入胎儿体内,可能对胎儿健康构成潜在风险。 研究团队进一步分析了母鼠盲肠微生物组以及血液、胎盘和乳腺转录组,以解析微塑料暴露的局部和系统性影响。团队观察到盲肠微生物组从厚壁菌门向拟杆菌门的剂量相关转变,同时微生物脂肪酸的生物合成增强。值得注意的是,每日仅适度饮用3.3杯DPCs就足以显著改变盲肠微生物组、代谢功能和免疫健康,这反映在母体血液、胎盘和乳腺的组织特异性转录组分析中,导致神经退行性和流产风险增加。 这项研究首次系统地揭示了在被普遍认为无害的DPCs消费水平下,微塑料在孕鼠体内的组织特异性积累以及对代谢和生殖的毒性影响,强调了需要进一步评估和应对这些潜在健康危害,并呼吁制定相应的食品安全法规,特别是针对孕妇等高风险人群。
冷冻电镜新用法!颜宁团队,最新成果! 10月9日,深圳医学科学院颜宁团队在PNAS杂志(《美国国家科学院院刊》)在线发表题为《利用冷冻电镜发现生物实体的研究策略》)的研究论文,研究团队将冷冻电镜作为一种“发现”工具,拓展了人类视觉分辨率的极限,放眼大自然,发现完全未知的生物大分子。 颜宁团队从清华大学荷塘中取水若干升,经过简单的过滤和浓缩处理之后,制备成冷冻电镜样品并进行数据采集。在电镜显微照片中,研究人员观察到了自然水体中丰富多样的生物大分子,其中长短、粗细不一的纤维状结构在样品中占据主导地位。颜宁团队通过三维重构获得了若干高分辨率电镜密度图;然后利用基于AI算法的CryoNet软件——由清华大学生命学院副教授、科学探索奖获得者张强锋率团队开发——进行自动模型搭建,很快获得了两种纤维状蛋白的三维结构。
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