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网络药理学:从零开始到发表SCI的指南 网络药理学其实并没有大家想象的那么高深莫测。今天,我就来分享一些我自己学习网络药理学时用到的各种资料,希望能帮到大家。 网络药理学的基础概念 网络药理学是基于药物与药物之间在结构、功效等方面的相似性,以及机体内靶标分子和生物效应分子的多种相互作用关系,通过构建药物-药物、药物-靶标等网络来预测药物的功效以及特定功效对应的药物。简单来说,就是通过分析药物之间的相互作用关系来理解药物的疗效。 中药网络药理学的分析思路 中药网络药理学主要基于中药复方,利用系统生物学与系统药理学的原理,研究中药的多成分、多靶点特点。分析思路通常分为三步: 第一步:找到有效靶点。通过数据库、文本挖掘或软件预测等手段找到某方剂、药对或中药中的有效靶点。这一步的加分项是通过计算机模拟和体外实验(如SPR分析、Biocore)等验证药物小分子与靶分子之间的作用位点。 第二步:筛选靶分子相关的生物学功能和分子通路。通过GO/KEGG富集分析来筛选靶分子相关的生物学功能和分子通路。 第三步:构建互作网络。可以是药物-活性成分-相关生物学功能/通路之间的互作网络,也可以是活性成分-相关生物学功能/通路-表型/疾病之间的互作网络,甚至是靶分子之间的互作网络。这一过程中的每一步的预测,也可以根据预测网站或软件等分析工具加上对应的统计值表格。 干湿结合的中药网络药理学研究 簟劊这类研究侧重于实验研究,一般IF在3-5分之间。把网络药理学当作筛选靶基因、相关生物学功能、通路的预测手段,也是按三步走的策略,每一步再通过常规的分子生物学、细胞生物学的技术加以验证。 网络药理学与生信结合的分析套路 这类研究把生信分析套路和网络药理学套路有机结合,一般IF在1-6分左右。第一步是通过数据库、文本挖掘或软件预测等手段找到某方剂、药对或中药中的有效靶点。这一步的加分项是通过计算机模拟和体外实验(如SPR分析、Biocore)等验证药物小分子与靶分子之间的作用位点。 网络药理学做图软件 寸 常用的网络药理学做图软件有三个,分别是Cytoscape、Gephi和VisANT。这些软件可以帮助你更好地理解和可视化药物之间的相互作用关系。 网络药理学相关文献 网络上有很多关于网络药理学的文献,可以通过数据库或学术期刊网站进行搜索和下载。这些文献可以为你提供更多的研究思路和方法参考。 TCMSP中药网络药理学资料 TCMSP(中药系统药理学数据库)提供了大量的中药网络药理学资料,包括KEGG通路富集分析、GO功能富集分析等视频教程和脚本文件。这些资料可以帮助你更好地理解和应用中药网络药理学。 总结 网络药理学并不是高不可攀的学问,只要掌握了基本的概念和分析思路,再加上一些实用的工具和资料,你也能轻松上手。希望这篇指南能帮到你,祝你早日在SCI上发表自己的研究成果!
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