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kegg通路分析学术下载_kegg通路基因上调和下调(2024年12月最新版)

内容来源：这家有保障所属栏目：新闻更新日期：2024-12-03

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Metascape：一键搞定多分析 Metascape数据库是一个集成了多种功能的强大工具，特别适合进行GO分析、KEGG分析以及寻找hub基因等操作。它简单易用，适合初学者和经验丰富的研究者。下面我们来详细介绍一下如何使用Metascape数据库。首先，进入Metascape的界面，找到“Orpasteagenelist”下方的空白处，输入你的基因列表。网站支持多种基因ID类型，包括geneID、symbol和Ensembl等。在日常使用中，输入任何一种类型都可以。我们随便输入50个基因的symbolID进行演示（如图二）。输入基因列表后，点击“submit”，系统会弹出分析类型的选择框。我们选择“人（H.Sapiens）”（如图三）。注意，有时候可能会有个别基因未被识别，这通常是因为基因注释版本更新导致的，属于正常现象。点击“ExpressAnalysis”（customanalysis也类似），分析完成后（如图四），再点击“AnalysisReportPage”，进入结果页面（如图五）。这里可以看到我们的50个基因的GO和KEGG分析结果。虽然我们输入的基因较少，但KEGG通路分析仍然可以进行。继续往下看，我们可以看到更详细的文字解释（如图六）。此外，还有蛋白质互作网络（Protein-proteininteractionnetwork）的分析结果，可以自行下载PDF文件（如图七）。 Metascape还提供了DisGeNET分析，可以查看这50个基因相关的疾病信息（如图八）。还有转录因子靶点等分析（如图九），这些都是Metascape功能的一部分。在使用Metascape时，记得引用网站提供的文献，以确保你的研究符合学术规范。

科研效率翻倍！必备工具大揭秘 𐟚€ 在科研的道路上，效率就是生命！很多时候，我们因为不知道某些便利工具的存在，而浪费了宝贵的时间。今天，我要给大家介绍一个超级实用的网站——SciBank，它汇集了众多在线工具，可以帮助你轻松收集学术资料、进行英语纠错、数据库查询、蛋白与核酸分析等。遇到科研问题时，先别急着动手，看看有没有现成的工具可以帮你，效率绝对翻倍！𐟒ከ𕄦–™收集：海量资源任你挑资料收集是科研的基础。除了大家熟知的PubMed和谷歌学术，还有一些高校和专利的收集工具，比如JAIRO和Apollo。此外，还有各种数据库，比如信号通路数据库KEGG、蛋白与小分子对接数据库BindingDB、高分子建模软件库ROSIE等。这些工具在各个领域内都能提供丰富的数据资源。𐟓š 科研助手：节省你的宝贵时间在科研过程中，一些小工具能帮你节省大量时间。比如，免费的Grammarly可以帮你进行语法纠错，Matcha可以将公式转换成Latex格式，还有一些格式、公式、名词分析工具，在关键时刻真的能救你一命！𐟕’ 计算软件：生物化学信息学神器生物信息学工具如MHCpred可以预测多肽与组织相容性，化学信息学工具如DockRMSD可以进行在线对接，中药靶点数据库TTD和通用化学AI框架DeepChem也是被广泛验证过的便利工具。将这些工具收入你的工具箱，绝对没错！𐟔슊总之，科研效率的提升离不开这些实用工具的帮助。赶紧去试试这些网站和工具吧，让你的科研之路更加顺畅！𐟌Ÿ

网络药理学：从零开始到发表SCI的指南网络药理学其实并没有大家想象的那么高深莫测。今天，我就来分享一些我自己学习网络药理学时用到的各种资料，希望能帮到大家。网络药理学的基础概念 𐟌 网络药理学是基于药物与药物之间在结构、功效等方面的相似性，以及机体内靶标分子和生物效应分子的多种相互作用关系，通过构建药物-药物、药物-靶标等网络来预测药物的功效以及特定功效对应的药物。简单来说，就是通过分析药物之间的相互作用关系来理解药物的疗效。中药网络药理学的分析思路 𐟌🊊中药网络药理学主要基于中药复方，利用系统生物学与系统药理学的原理，研究中药的多成分、多靶点特点。分析思路通常分为三步：第一步：找到有效靶点。通过数据库、文本挖掘或软件预测等手段找到某方剂、药对或中药中的有效靶点。这一步的加分项是通过计算机模拟和体外实验（如SPR分析、Biocore）等验证药物小分子与靶分子之间的作用位点。第二步：筛选靶分子相关的生物学功能和分子通路。通过GO/KEGG富集分析来筛选靶分子相关的生物学功能和分子通路。第三步：构建互作网络。可以是药物-活性成分-相关生物学功能/通路之间的互作网络，也可以是活性成分-相关生物学功能/通路-表型/疾病之间的互作网络，甚至是靶分子之间的互作网络。这一过程中的每一步的预测，也可以根据预测网站或软件等分析工具加上对应的统计值表格。干湿结合的中药网络药理学研究 𐟒簟”劊这类研究侧重于实验研究，一般IF在3-5分之间。把网络药理学当作筛选靶基因、相关生物学功能、通路的预测手段，也是按三步走的策略，每一步再通过常规的分子生物学、细胞生物学的技术加以验证。网络药理学与生信结合的分析套路 𐟓Š𐟌 这类研究把生信分析套路和网络药理学套路有机结合，一般IF在1-6分左右。第一步是通过数据库、文本挖掘或软件预测等手段找到某方剂、药对或中药中的有效靶点。这一步的加分项是通过计算机模拟和体外实验（如SPR分析、Biocore）等验证药物小分子与靶分子之间的作用位点。网络药理学做图软件 𐟖寸常用的网络药理学做图软件有三个，分别是Cytoscape、Gephi和VisANT。这些软件可以帮助你更好地理解和可视化药物之间的相互作用关系。网络药理学相关文献 𐟓– 网络上有很多关于网络药理学的文献，可以通过数据库或学术期刊网站进行搜索和下载。这些文献可以为你提供更多的研究思路和方法参考。 TCMSP中药网络药理学资料 𐟌🊊TCMSP（中药系统药理学数据库）提供了大量的中药网络药理学资料，包括KEGG通路富集分析、GO功能富集分析等视频教程和脚本文件。这些资料可以帮助你更好地理解和应用中药网络药理学。总结 𐟓 网络药理学并不是高不可攀的学问，只要掌握了基本的概念和分析思路，再加上一些实用的工具和资料，你也能轻松上手。希望这篇指南能帮到你，祝你早日在SCI上发表自己的研究成果！

网络药理学学习资料大放送，轻松掌握！ 𐟎“ 曾经花费5000元购买的网络药理学资料，现在免费分享给大家！这些资料对我帮助巨大，现在用不到了，希望对你们也有帮助。 𐟓š 网络药理学其实并不复杂，三天就能入门。以下是部分资料内容：网络药理学做图软件（3个）网络药理学相关文献网络药理学系列一（共11讲）网络药理学系列二（共14讲）网络药理学系列三（共15讲） 𐟒Š 特别推荐：TCMSP中药网络药理学资料，包括14个视频，涵盖KEGG通路富集分析、GO功能富集分析、symbol转换为基因id、PPI网络核心基因、PPI网络构建以及中药网络药理学可视化等多个方面。 𐟓‚ 这些资料不仅适合初学者，也适合有一定基础的药理学家。快来下载，开启你的网络药理学之旅吧！

KEGG与GO富集分析：从零开始到精通富集分析是生物信息学中的一种重要方法，主要用于研究一组基因在特定生物学过程中的作用和所属的通路。差异基因，即在不同条件下（如疾病状态与正常状态）表达水平有显著变化的基因，是富集分析的主要研究对象。通过富集分析，我们可以理解这些基因在生物学过程中的作用和它们所属的生物学通路。为什么要对差异基因进行富集分析？𐟤” 功能预测：通过富集分析，可以将差异基因与已知的生物学功能或通路联系起来，从而预测这些基因可能的功能。疾病机理研究：在疾病相关的研究中，差异基因的富集分析有助于揭示疾病发生的分子机制，识别关键的疾病相关基因和通路。药物靶点发现：富集分析可以识别与疾病相关的特定生物学过程或通路，这些过程或通路可能成为药物开发的潜在靶点。生物标记物的鉴定：通过识别在特定条件下富集的基因，研究者可以发现潜在的生物标记物，用于疾病的诊断、预后评估或治疗反应监测。统计显著性评估：富集分析可以评估观察到的基因集在特定生物学类别中的富集是否具有统计学意义，从而避免随机事件的误解释。 GO富集分析：揭开基因功能的神秘面纱𐟔 GO富集分析是一种生物信息学分析方法，用于确定一组基因列表在基因本体（Gene Ontology，GO）分类中的富集情况。GO数据库（Gene Ontology，基因本体），基因本体定义了用于描述基因功能以及这些概念之间关系的概念/类别。它按照三个方面对功能进行分类：分子功能（Molecular Function, MF），如基因的蛋白激酶活性、胰岛素受体活性等。细胞组分、亚定位（Cellular Component, CC），如基因产物活动的细胞位置。生物过程（Biological Process, BP），如细胞分化、DNA复制。 KEGG富集分析：探索代谢和信号转导网络𐟌 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库资源。KEGG富集分析可以帮助我们理解差异基因在代谢和信号转导网络中的作用。通过KEGG富集分析，我们可以识别与疾病相关的特定生物学过程或通路，这些过程或通路可能成为药物开发的潜在靶点。结果图解读：从数据到视觉𐟓Š 在富集分析中，我们通常会生成各种结果图，如GO barplot、GO dotplot、GO circ、KEGG barplot、KEGG dotplot和KEGG circ等。这些结果图可以帮助我们直观地理解差异基因在生物学过程中的作用和它们所属的生物学通路。此外，还有一些工具可以进行GO和KEGG的venn enrich分析，帮助我们更深入地探索差异基因的富集情况。代码分享：从零开始到精通𐟒𛊤𘺤𚆦–𙤾🥤祮𖨿›行富集分析，我们整理了一些代码和资料。通过这些代码，你可以轻松地进行GO和KEGG富集分析，并生成各种结果图。无论你是生物信息学的新手还是资深研究者，这些资源都能帮助你更好地理解和应用富集分析方法。希望这篇文章能帮助你更好地理解KEGG和GO富集分析，并为你的研究提供一些有用的参考！

网络药理学资料大放送，药理学必备！终于有大佬整理出了网络药理学的详细资料，赶紧分享给大家，不用白嫖！ 𐟓Š 网络药理学做图软件（3个）【网络药理学】相关文献【网络药理学】系列一（共11讲）【网络药理学】系列三（共15讲）【网络药理学】系列二（共14讲） 𐟓‚ 网络药理学资料（zip文件） KEGG富集分析.mp4 GO功能富集分析.mp4 基因名字转换成基因id（脚本安装）药物调控网络.mp4 Cytoscape输入文件准备.mp4 蛋白互作PP网络构建.mp4 多个化合物处理.mp4 𐟌🠔CMSP中药网络药理学资料 TCMSP中药网络药理学资料.zip KEGG通路富集分析（走脚本） GO功能富集分析（走脚本） symbol转换为基因id（走脚本） PPI网络核心基因（走脚本） PP网络构建.mp4 中药网络药理学可视化.mp4 𐟔 详细内容 14. KEGG通路富集分析（走脚本） 13. GO功能富集分析（走脚本） 12. symbol转换为基因id（走脚本） 11. PPI网络核心基因（走脚本） 10. PPI网络构建 09. 中药网络药理学可视化 08. Cytoscape输入文件准备（走脚本） 07. 药物靶点和疾病靶点交集（走脚本）这些资料涵盖了网络药理学的各个方面，从基础到进阶，适合各个层次的药理学爱好者。赶紧下载学习吧！𐟓š

8k网络药理学教程免费分享，快来领取！大家好，今天我要和大家分享一份价值8k的网络药理学教程，真的是医学科研大佬们的结晶啊！经过一番努力，我终于学完了这些内容，现在整理出来分享给大家，绝对的白嫖福利哦！网络药理学教程概览 𐟓š 首先，这个教程包括了三个部分的详细内容：网络药理学做图软件、网络药理学相关文献以及一系列的网络药理学讲座。具体来说：网络药理学做图软件（3个）这些软件可以帮助你更好地进行网络药理学的可视化操作。网络药理学系列讲座这个部分包含了多个讲座，从基础到进阶，适合不同层次的研究人员。网络药理学相关文献这些文献都是最新的研究成果，可以帮你了解最新的研究动态。详细内容展示 𐟓– 接下来，我会详细介绍一下教程中的一些关键内容： KEGG富集分析.mp4 - 344.19MB GO功能富集分析.mp4 - 285.56MB 基因名字转换成基因id的脚本 - 182.36MB 药物调控网络.mp4 - 332.46MB cytoscape输入文件准备.mp4 - 179.45MB 蛋白互作PP网络构建.mp4 - 290.22MB 多个化合物处理.mp4 - 266.3MB TCMSP中药网络药理学资料 𐟌🊊此外，教程中还特别提到了TCMSP中药网络药理学资料，这部分内容非常适合中药研究者。具体包括： KEGG通路富集分析（走脚本） - 223.09MB GO功能富集分析（走脚本） - 237.3MB symbol转换为基因id（走脚本） - 136.98MB PPI网络核心基因（走脚本） - 181.73MB PPI网络构建 - 238.77MB 中药网络药理学可视化 - 304.1MB 总结 𐟓 这份教程真的是涵盖了网络药理学的方方面面，从基础到进阶，从软件到实践，内容非常丰富。希望这份教程能对大家有所帮助，赶紧下载学习吧！如果有任何问题，欢迎在评论区留言，我会尽力解答。祝大家科研顺利！

8k元网络药理学教程免费分享这些资料是医学科研大佬们精心整理的，经过一番努力终于学完了，现在分享给大家，绝对免费哦！网络药理学教程概览 𐟓š 网络药理学教程用不到了，分享给大家，拿走不谢！网络药理学系列一（共11讲） 𐟓– KEGG富集分析.mp4 GO功能富集分析.mp4 基因名字转换成基因id（脚本安装）药物调控网络.mp4 Cytoscape输入文件准备.mp4 蛋白互作PP网络构建.mp4 多个化合物处理.mp4 网络药理学系列二（共14讲） 𐟓– KEGG通路富集分析（走脚本） GO功能富集分析（走脚本） Symbol转换为基因id（走脚本） PPI网络核心基因（走脚本） PPI网络构建.mp4 中药网络药理学可视化.mp4 网络药理学系列三（共15讲） 𐟓– KEGG通路富集分析（走脚本） GO功能富集分析（走脚本） Symbol转换为基因id（走脚本） PPI网络核心基因（走脚本） PPI网络构建.mp4 中药网络药理学可视化.mp4 额外资料 𐟓 TCMSP中药网络药理学资料.zip KEGG通路富集分析（走脚本） GO功能富集分析（走脚本） Symbol转换为基因id（走脚本） PPI网络核心基因（走脚本） PPI网络构建.mp4 中药网络药理学可视化.mp4 Cytoscape输入文件准备（走脚本）药物靶点和疾病靶点交集（走脚本）总结 𐟓 这些教程涵盖了网络药理学的多个方面，从基础到进阶，适合各个层次的科研人员。希望这些资料对大家有所帮助！

GEO数据库生信分析全攻略 GEO数据库生信分析是一种强大的工具，可以帮助我们理解生物数据。以下是详细步骤：差异表达分析 𐟓Š 通过先进的算法，我们可以找到在不同条件下表达水平有显著差异的基因。表达矩阵整理 𐟓ˆ 将数据集的探针ID进行转换，合并去批次，整理成表达矩阵。火山图和热图绘制 𐟔加基于limma分析或counts分析，绘制火山图和热图，直观展示差异表达情况。富集分析 𐟌 进行GSEA、ssGSEA、GSVA等富集分析，揭示基因的生物学功能。 GO和KEGG通路分析 𐟛䯸通过GO和KEGG通路分析，了解基因在细胞通路中的位置和作用。免疫浸润和转录因子分析 𐟧ꊠ 研究免疫细胞的浸润情况和转录因子的表达模式。网络突变分析 𐟌 利用WGCNA方法构建基因表达网络，进行网络突变分析。 CNV分析 𐟔 检测基因组的拷贝数变异，了解基因组结构的变化。聚类分析 𐟓ˆ 通过聚类分析，将表达模式相似的基因或样本聚在一起。敏感性分析 𐟧ꊠ 评估不同条件下的敏感性，了解实验结果的可靠性。多种数据库支持 𐟌 支持多种公共数据库，包括TCGA、ICGC、GEO、UCSC等，确保分析的全面性和准确性。生信作图 𐟎芠提供高质量的科研作图，帮助您直观展示分析结果。结果解读及解惑 𐟤” 提供详细的分析报告，帮助您理解复杂的生信数据。指导专业解读 𐟑袀⚕️ 对mRNAsi、C50和干性指数等先进指标提供专业解读。生信分析医学留学生咨询 𐟌 为医学留学生提供生物信息学咨询，指导生信分析和SCI写作。孟德尔随机化辅导 𐟧슠 提供孟德尔随机化定题、TWAS、SMR、PWAS、COLOC、PPIMR等分析服务。线性和非线性MR分析 𐟓ˆ 进行线性和非线性孟德尔随机化分析，了解基因与疾病的关系。暴露疾病、睡眠神经方向研究 𐟌쯸 研究环境暴露与疾病的关系，以及睡眠和神经系统的相关研究。肿瘤甲基化影响 𐟒Š 探索肿瘤中甲基化对基因表达的影响。通过这些步骤，我们可以更深入地理解生物数据，为科学研究提供有力支持。

网络药理学：探索药物作用的全新视角 𐟌 网络药理学，这个充满科技感的领域，结合生物信息学分析，正为我们打开一扇探索药物作用的新大门！ 𐟌Ÿ 多成分、多靶点、多通路：网络药理学告诉我们，药物不是单打独斗，而是通过多个靶点和信号通路来调节复杂疾病，尤其在中药复方研究中大放异彩！𐟌🊊𐟌 系统性：它综合了基因、蛋白质、代谢产物等生物分子网络，揭示药物的整体作用机制，让我们不再局限于孤立的靶点分析。𐟔 𐟧頥䚧𛴦•𐦍𔥐ˆ：网络药理学融合了药物化学、生物信息学、分子生物学等多学科数据，构建药物和疾病之间的网络关系，让研究更加全面。𐟌 研究步骤大揭秘： 1️⃣ 数据获取：从公开数据库或文献中获取药物成分、靶点、疾病相关基因等数据。𐟓š 2️⃣ 靶点预测：利用计算工具预测药物的潜在靶点，结合分子对接和虚拟筛选技术。𐟒𛊳️⃣ 网络构建：构建“成分-靶点-疾病”网络，分析网络拓扑结构，识别关键节点和靶点。𐟕𘊴️⃣ 通路分析：通过KEGG、GO等通路富集分析，探讨药物作用的分子机制和信号通路。𐟔습️⃣ 实验验证：网络药理学的结论需要通过实验验证，如细胞实验或动物模型。𐟐 进阶技能包𐟓毼š 𐟎蠤𚤩›†靶点获取及韦恩图绘制 𐟓Š 药物-成分-靶点图、PPI、拓扑数据分析 𐟧頇O/KEGG富集分析 𐟓ˆ 差异表达+ROC分析 𐟑𞠗GCNA分析、免疫浸润分析 𐟌𒠌ASSO回归分析和随机森林(RF)分析 𐟌Š 泛癌分析+TCGA突变瀑布图 𐟔— 分子对接 𐟒력ˆ†子动力学模拟：蛋白与配体动力学模拟 𐟑€𐟑€𐟑€ 如果你的研究够新颖、够广泛，不妨留下你的课题方向，让我们一起探索药物作用的新世界！你也想要在科研道路上跟进一步，发表高分SCI吗?别犹豫，赶紧行动吧！

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