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「brainnews超话」「健康登顶计划」 NAR:陈宇团队等构建适用于“脑-肠轴”调控机制研究的质粒数据库 来源:脑科学与脑技术 肠道菌群是由大量微生物构成的复杂的微生态系统,参与了多种宿主生物调节过程,其与大脑之间的双向通讯机制构成了“脑-肠轴”,并与阿尔茨海默症、帕金森病和抑郁症等神经疾病的发生发展密切相关。近年来研究发现,质粒作为微生物的主要可移动遗传元件,不仅携带了抗性基因、毒力基因、代谢基因簇等多种功能元件,还可通过其多拷贝性和转移性影响肠道菌群功能及“脑-肠轴”通讯。尽管已有数据库对不同来源的质粒进行了归档,但这些数据库缺乏对质粒表型、基因型和功能的全面注释,且不同数据库间的数据隔离影响了质粒的联合分析。 中国科学院深圳先进技术研究院(简称“深圳先进院”)脑认知与脑疾病研究所/深港脑科学创新研究院陈宇课题组和香港城市大学计算机系李帅成课题组于2024年10月23日在Nucleic Acids Research上在线发表了题为“PlasmidScope: A comprehensive plasmid database with rich annotations and online analytical tools”的研究论文,构建了一个包含全面注释、在线分析和交互可视化的质粒数据库,并探索了阿尔茨海默症肠道菌群中质粒的分布特征。
8周CRISPR项目记 在2021-2022年的CMRI暑期科研项目中,我参与了一个8周的CRISPR基因编辑项目。主要任务是利用PCR筛选CRISPR基因编辑成功的HeLa克隆细胞系,目标是插入目标mAID在BRG1蛋白羧酸C端(对应基因片段的3‘端)。这个项目旨在帮助我的导师建立一个能高效降解BRG1的细胞系,以便研究该蛋白在细胞表观遗传学领域的作用,特别是在细胞周期如DNA复制S-期或G1 origin firing等方面的调控和影响。 我们复现了2021年Nature structural & molecular biology上发表的论文,利用CRISPR经典HITI(homology independent targeted insertion)方法进行基因编辑。具体来说,我们通过转染两个表达Cas9的质粒,以及与BRG1最后一个intron内含子互补配对的gRNA,造成两个双链断裂,从而切割掉包含最后一个exon外显子的片段。然后,我们利用带有模版的质粒转染,利用NHEJ的修复机制插入mAID,让终止密码子后移,从而表达一个带有mAID的BRG1融合蛋白。 基因编辑并不是一件容易的事。虽然我们只用了三个质粒,但并不是所有的细胞都被成功转染。转染成功的细胞也不一定会按照我们的希望去插入目标基因片段修复。BRG1作为SWI/SNF染色质重塑蛋白的ATPase水解酶催化活性亚基,基因高度保守,需要三个等位基因都被编辑成功,才能算作是得到了homozygous纯和的克隆,稳定遗传给子代,建立一条细胞系。最终,我们筛了127个克隆,才找到了三个纯合子。 这个过程不仅需要耐心和毅力,还需要对科研的热爱和对细节的关注。科研背后的心酸和挑战只有真正经历过的人才能体会。
实验外包避坑指南:这些你必须知道! 在开始之前,先明确一点:实验外包并不等于学术不端!其实,很多课题组都会选择将实验外包出去,尤其是那些需要大量时间和资源的实验。比如,像Elisa、分子克隆、切片等实验,甚至引物和质粒设计也可以外包。这样一来,你可以同时研究多个课题,只需要等待数据结果,大大节省了时间,也提高了论文产出效率。 为什么选择外包实验? 实验数据不精确:有时候,自己做的实验数据可能不太准确,外包给专业实验室可以避免这个问题。 实验室条件不足:有些实验室条件有限,无法满足实验需求。外包给专业实验室可以更好地控制实验条件。 时间紧迫:有时候,实验需要很长时间才能完成,如果结果出错,还得花更多时间弥补。外包给专业实验室可以节省时间。 外包实验需要注意什么? 选择靠谱的实验室:一定要打听好实验室的实力和信誉,确保他们能够提供高质量的服务。 价格透明:记得询问所需品牌试剂的价格,并要求对方保证试剂等耗材为正品。 关注进展:时刻关注实验进展,确保数据出来后可以用。 结果真实:强调要的是合理的真实结果,如有不合常理的结果,要及时沟通处理。 个人经验分享 我们实验室也接过很多次外包实验,包括医学生物领域的各种实验,比如二代测序、转录组等。如果你的实验室实验设备条件不允许,或者大量数据来不及反复落实,综合考量实验成本过高等,都可以考虑外包。 总之,实验外包虽然有优势,但也要注意细节。希望这些建议能帮到你!쀀
果蝇S2细胞:生物学研究的多面手 果蝇的组织培养细胞,被称为S2细胞(Schneider 2),最早出现在伊莫金ⷦ𝨀德1972年发表的论文《源自果蝇最后胚胎阶段的细胞系》中。施耐德还发明了“施耐德培养基”,至今仍用于培养这些细胞。 生长特性 𑊓2细胞是一种未分化的细胞,可以在粘附和悬浮状态下生长。它们在各种标准培养基中都能生长,通常在室温(约25Ⰳ)下生长,不需要CO₂孵育。这些细胞易于维护,大约每18-24小时分裂一次。最棒的是,它们可以在无血清培养基中生长,因此成本低廉且方便用于各种研究(不过最好还是加上10%的胎牛血清)。 转染和表达 슓2细胞非常容易转染,因此成为基因表达研究和RNA干扰(RNAi)实验的热门选择。它们可以与基于质粒的载体一起使用,以产生重组蛋白或研究过表达基因的影响。 S2细胞的应用 슥 功能和表达研究:S2细胞可以通过RNAi进行基因敲除,引入双链RNA(dsRNA)来沉默目标基因。它们还用于研究果蝇和高等生物(包括人类)之间保守的信号通路和基因表达机制。 蛋白质生产:S2细胞经常用于表达重组蛋白,包括病毒或哺乳动物来源的蛋白。它们既可用于小规模蛋白质生产,也可用于大规模工业用途。 免疫学研究:由于S2细胞来源于巨噬细胞样细胞,因此它们经常用于免疫学和病原体-宿主相互作用研究。它们用于探索先天免疫反应,特别是Toll和IMD通路,这些是哺乳动物免疫反应通路的类似物。 药物筛选和毒理学:由于其适应性和转染效率,S2细胞经常用于药物发现和毒性研究的高通量筛选。 S2细胞系是一种多功能且广泛使用的模型系统,可用于探索果蝇生物学和开展对理解基因功能、信号通路和免疫反应具有广泛意义的实验。
大一新生必看:如何挑选适合自己的电脑? 嘿,大家好!最近有不少新生在问我,到底该买什么样的电脑?其实,选购电脑这事儿,真的得结合你的专业课程和个人喜好来定。今天,我先给大家聊聊各专业课程可能会用到的软件,下一篇再给大家详细讲讲每种软件需要什么样的电脑性能。希望这些信息能帮你们理清思路~ 𛊊ᠩ购电脑的思路 我的专业课程会用到哪些软件? 除了专业学习,我还有什么电脑使用需求?(比如游戏、社团工作、自我提升:画画、视频剪辑、摄影P图等) 𛊊❓ 我的专业课程可能会用到哪些软件 𘠦有专业的通用需求 写论文、做课程展示、小组作业:Office三件套(Word、PPT、Excel) 日常使用:聊天软件(QQ、微信) 其它功能性软件:浏览器、百度云、迅雷等 𛊊𘠩襈专业的特殊需求 1⃣ 电子信息类 深度编程:C++、JAVA、Python 单片机仿真、PBC设计工具:Proteus、PADS 2⃣ 文学类 语言文学、历史学、哲学、法学、教育学等 绘制图表:Origin 3⃣ 经济学类 统计学、财政学、金融学等 数据分析:SPSS、Stata 轻度编程:Python 4⃣ 医学类 基础医学、临床医学、中医等 数据分析:SPSS、Stata 序列分析软件:DANMAN、VectorNTI 图像分析:Image Pro 绘图:Winplas质粒绘图 5⃣ 农学类 林学、水产、动植物相关、环保等 数据分析:SPSS、Stata 绘制图表:Origin 序列分析软件:VectorNTI 绘制分子结构、化学方程式:Chemdraw 6⃣ 计算机类 深度编程:C++、JAVA、Python 𛊊篇幅有限,更多内容请看图~如果这篇文章对你有帮助,记得点赞收藏哦也欢迎关注我!𐤸一篇我会详细介绍各种软件需要关注什么电脑性能,敬请期待~
论文写作7大避雷区,别踩坑了! 写论文的时候,大家一定要注意避开一些常见的坑,不然好不容易做出来的实验就白费了。下面我给大家总结了一些常见的避雷区,记得收藏哦! 以摘要代替前言 有些作者喜欢在摘要里写一大堆实验方法和数据,搞得读者头晕眼花。而到了前言部分,却草草了事,几十个字打发。其实,摘要应该简洁明了地介绍文章的背景、主要内容和意义,而前言则应该回顾研究背景,提出问题或假说。很多中文作者对此没有理解,只是简单地说明研究目的,对研究背景和问题不加理会。 分组名称隐晦难懂 튥ꌥ觉馌照治疗方法分了几个组,作者命名为A组、B组、C组,还有A+B、B+C、A+C等各种组合。读者需要记住这些代号的含义才能理解各组不同的治疗方法,读到一半不小心忘记了,还要到前面再看一遍。其实直接用治疗方法来命名简单又明白。 试剂仪器单独成段 ꊥ䚤𝜨 喜欢把用到的试剂和仪器单独写成一段,这虽不能说错,但并不通行。一般是在试剂和仪器出现的位置,以括号内容来介绍其厂商和产地信息。 滥用缩写而不予介绍 有些作者似乎以多用缩写为荣,以此来显示文章的高水平。而且使用了缩写也不予以介绍其全称,让读者去猜。其实应该尽量减少缩写的使用。特别是不要自己创造新的缩写,除非的确非常有必要。 结果部分灌水 一些初入科学殿堂的作者,好不容易做出些结果,几乎把文章的结果部分写成了实验记录,囊括了细胞培养照片、质粒酶切电泳,甚至固定动物的架子。其实这些“结果”并不是实验数据,而只是中间过程。 讨论空洞无物 讨论部分很多作者常见的问题是,要么重复前言,要么重复结果。总之就是不给你讨论。讨论部分应该把研究的结果与他人研究结果进行比较,发现异同并加以探讨说明。 喜欢引用中文文献 参考文献最好引用权威高分杂志的文章或者你投的杂志的文章,最好不要引用中文文献,因为中文文献往往无法通过Reference Check。如果不得已需要引用中文文献需要在文献后面注明。 希望这些小建议能帮到大家,写论文不容易,千万别踩坑了!ꀀ
读博的那些年:幸福还是挑战? 最近在各种社交平台上,总能看到有人分享他们的博士生活多么幸福,压力小,焦虑少。这让我有点惊讶,难道读博真的这么轻松?用现在很火的“早C晚A”概念来套,博士生的早C晚A应该是:早上靠咖啡续命,晚上睡前焦虑满满。 今天,我就来给大家真实还原一下生物医学博士生的日常生活,希望能给那些正在考虑读博的小伙伴们一些参考。 迷茫期:初入课题组的那些日子 미 刚开始进入课题组的时候,你会有一段迷茫期。这是因为你不熟悉课题组的环境,也不了解自己的课题。这段时间可能很短,几周就过去,也可能很长,甚至有人到博二了还没开始跑实验。我算是比较幸运的,因为曾经做过RA(研究助理),所以没有经历这段迷茫期。 实验初期:挑战与运气并存 ꊊ跳过迷茫期后,假设你已经开始跑实验了,那你要知道,生物医学实验是很折腾人的。从设计引物、构建质粒到建立细胞系,每一个步骤都充满了挑战。这跟个人操作关系不大,更多靠的是运气。 实验阶段:996工作制的日常 ⏰ 当你真正进入实验产数据阶段时,恭喜你,你将迎来996的工作作息,甚至有些实验室是007的。我的生活每天从早上9点开始,就像打仗一样,一个实验接着一个实验,密度非常高。如果实验进展顺利,也许晚上8点能结束。但这种顺利是少之又少的。 博士生活的锻炼:时间管理与平常心 ꊊ读博也会让你变得更强。比如,你需要强大的时间管理能力:即使在实验焦头烂额的时候,我依然能挤出时间看论文、做PPT、写论文,甚至一周去健身五六次。每一天去实验室我都会化个淡妆,穿自己喜欢的衣服和饰品,不是为了别的,只是为了取悦自己。 还有一颗对待失败平常心:实验不可能一直出阳性结果,也不可能一路顺风顺水发论文。曾经看施一公老师的访谈录时,他说我们应该花更多时间去思考阴性结果,分析它的来龙去脉。所以,一颗平常心真的能减少很多自我消耗! 最后的小建议 ኊ工作和读博的心理状态完全不同。读博找到一个好老板真的太重要了!一个好老板会让你觉得自己是有价值的,做的实验是有意义的。我很幸运,遇到了一个好老板。 希望这些信息能帮到你们,祝大家学业顺利,数据天天产,论文年年发!
쨴觲构建全攻略:酶切、连接与计算秘籍犥訴觲构建的过程中,酶切和连接是至关重要的步骤。今天,我们将详细介绍如何进行酶切和连接,以及如何计算质粒和目的片段的用量,帮助大家顺利完成实验。 ꠩ 𖥈技巧: 质粒构建成功的关键在于酶切是否彻底。大多数内切酶的用量是根据说明书来的,但实际上可能切不彻底。这是因为质粒DNA的超螺旋构象会影响内切酶对酶切位点的识别。超螺旋质粒中的酶切位点被包裹在内部,导致酶切不完全。 因此,在酶切时,需要增加30%的内切酶用量,并延长10-30分钟的延伸时间,以确保质粒充分酶切。这样,转化平板上就不会长出空载细胞。 连接体系: 在连接体系中,载体质粒和目的片段的用量计算非常重要。一般来说,载体质粒的量应该是目的片段的1-3倍。这样可以确保目的片段有足够的载体进行连接。 同时,连接反应的温度和时间也需要严格控制。通常在16-22℃下进行连接反应,时间根据片段大小和浓度进行调整,一般建议在1-3小时内完成。 质粒和目的片段用量的计算: 质粒和目的片段的用量计算是基于它们的大小和浓度。具体计算方法可以参考相关文献或实验手册。一般来说,载体质粒的量应该是目的片段的1-3倍,以确保目的片段有足够的载体进行连接。 通过这些技巧和方法,大家可以更好地进行质粒构建实验,提高实验成功率。祝大家实验顺利,论文顺利发表!
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